被世人所遗忘的岛屿，星坠群岛。
索尼克、艾咪和塔尔斯三人追踪着混沌翡翠的反应，
出发前往此地。

就快抵达岛的上空时，
托尔内德号突然发生故障！
索尼克被吸入到空中出现的时洞中，
和同伴们失散。

回过神来，
索尼克发现自己被丢进了神秘的空间。
虽然是熟悉的景色，
但又有些不同的数码世界……“电脑空间”。
索尼克好不容易才逃出“电脑空间”，
醒来时发现自己身处星坠群岛之一的
“克洛诺斯岛”之上，
这里有着充满古代人谜团的
遗迹和四处徘徊的可怕敌人。

为了寻找失散的同伴们，
索尼克跟随着不知从何处传来的
神秘声音的指引，奔上了冒险之路。
岛屿之中沉睡着什么？
阻碍索尼克前进的神秘少女——赛洁又有什么目的？