被世人遺忘的島嶼，星殞群島。
追著混沌翡翠的反應，索尼克、艾咪、
塔爾斯3人出發前往星殞群島。

然而當他們抵達島嶼上空時，
托爾內德號忽然出了狀況！
他們被吸進了出現在空中的時空洞穴，
索尼克和伙伴們也因此失散。

回過神來時，
索尼克已經身處於不可思議的空間。
雖然是有印象的景色，
卻似乎有哪裡不太對勁的電子世界……
那裡正是「電腦空間」。
當索尼克好不容易逃出「電腦空間」再次醒來時，
他來到了星殞群島的其中一個小島「克洛諾斯島」。
這座島上除了有充滿古代人謎團的遺跡外，
還有詭異的敵人四處徘徊。

受不知何處傳來的神祕聲音引導，
索尼克開始為了尋找失散的夥伴而奔走。
這座島上究竟沉睡著什麼？
妨礙索尼克的謎之少女：賽吉的目的又是？